新能源科学与工程专业源自2008年成立的“风能与动力工程”专业（全国第二所高校），2011年按照教育部专业目录要求更名为“新能源科学与工程”专业，同年成为国家特色专业建设点，2012年正式招收本科生，并成为江苏省重点建设专业的核心专业，2021年成为国家一流本科专业建设点。本专业依托河海大学水利工程、动力工程及工程热物理、电气工程等学科，以服务国家双碳战略需求和绿色发展为宗旨，以风能、太阳能为特色方向，涵盖陆上及海上新能源开发、多能互补综合能源等新型能源利用技术，具有应用范围广、实用性强、专业培养目标符合国家能源发展战略需求的特点，在国内外具有较大影响力。

依托可再生能源发电技术教育部工程研究中心、江苏省风电机组结构工程中心和新能源发电与智能电网引智基地等省部级科研平台，拥有“可再生能源科学与工程”和“清洁能源技术”硕士授权点、“新能源科学与工程”交叉学科博士授权点。学生理论基础扎实、动手能力强、具有较高的综合素质，受到众多用人单位的好评，本科生就业率均保持在96%以上。2024年，新能源科学与工程专业本科生培养方案将按照新能源大类招生、本科二年级以后分风能、太阳能和综合能源两个方向培养实施。